南京林业大学审计机构于1986年成立，1997年机构调整为与纪委办公室、监察处合署办公，2017年审计处独立设置。2023年经批准成立南京林业大学审计处党支部。内部人员具有国际注册内部审计师、中国注册会计师、注册造价工程师等专业资格，高、中级职称搭配合理。

       审计处围绕学校的中心工作，坚持“依法审计、服务大局、围绕中心、突出重点、求真务实”的教育审计工作方针，树立“以风险为导向、以控制为主线、以治理为目标” 的科学审计理念，努力打造学习型、服务型、创新型、节约型、廉洁型的审计团队。

审计处是负责学校内部审计工作的职能部门，对学校及所属单位的财政财务收支、经济活动、内部控制、风险管理实施独立、客观的监督、评价和建议，以促进办学效益，实现学校目标。具体职责如下：

1.制定学校审计工作计划并组织实施。

2.拟定学校内部审计制度和审计工作规范。

3.对学校处级领导干部履行经济责任情况进行审计。

4.对基本建设工程和修缮工程项目实施工程审计。开展工程项目管理审计、工程结算审计和工程项目竣工财务决算等。

5.对学校及所属单位财政财务收支和预算管理情况、贯彻落实国家和地方重大政策措施情况、重要项目进行审计。

6.对学校及所属单位固定资产投资项目、物资和服务采购、专项资金管理使用和重大投资活动进行审计。

7.会同相关部门督促审计发现问题的整改落实。

8.提供审计业务咨询服务。

9.配合上级主管部门对学校开展的专项审计工作。

     10.完成领导和上级部门交办的其他工作。